El mandatario estadounidense aseguró que Maduro y su esposa, Cilia Flores, habían sido sacados del país.
Sus declaraciones se producen después de que en la madrugada en distintos puntos de Caracas se oyeran fuertes explosiones, incluyendo en instalaciones militares.
El gobierno de la nación sudamericana ha exigido una "prueba de vida" de Maduro. También ha desplegado sus fuerzas armadas y declarado una emergencia nacional.
La captura de Maduro ocurre tras semanas de altas tensiones entre los dos países, en las que Washington ha atacado embarcaciones en el Caribe que, según afirma, transportaban drogas.